Die Bayernliga spielt wie die letzten Jahre in zwei Staffeln mit je 18 Klubs. Bei der Ligeneinteilung waren geographische Gesichtspunkte maßgebend. So wurde der TSV 1861 Nördlingen, letzte Saison noch Gegner der Löwen-U21, für die Spielzeit 2026/2027 der Nord-Steffel zugeteilt. 

Neben den bisherigen Kontrahenten FC 1920 Gundelfingen, FC Deisenhofen, FC Ismaning, FC Pipinsried, FC Sportfreunde Schwaig, SV Erlbach, SV Heimstetten, SV Kirchanschöring, SV Schalding-Heining, TSV 1874 Kottern und TuS Geretsried bekommen es die kleinen Löwen mit sechs neuen Gegnern zu tun, wobei viele der Teams alte Bekannte sind. Von der Regionalliga abgestiegen ist die SpVgg Hankofen-Hailing. Nach einem Jahr in der Landesliga kehren der TSV 1860 Rosenheim und der TSV 1880 Wasserburg a. Inn zurück. Auch der Partnerverein der Junglöwen, der TSV Schwabmünchen, ist wieder in der 5. Liga. Nach elf Jahren in der Landesliga feierte auch die traditionsreiche SpVgg Landshut eine Rückkehr in die Bayernliga Süd. Dagegen ist der FSV Pfaffenhofen/Ilm ein Neuling in der zweithöchsten bayerischen Spielklasse.

Beide Bayernligen starten am 16. Juli 2026 in die neue Spielzeit, nach dem 29. November 2026 geht’s in die Winterpause. Re-Start im neuen Jahr ist am 6. März 2027, der letzte reguläre Spieltag wird am 22. Mai 2027 über die Bühne gehen. Die Spielpläne der Bayernliga Süd und Nord sollen in den kommenden 14 Tagen veröffentlicht werden.